L'Archivio Segreto Vaticano fu formalmente istituito come entità separata dalla Biblioteca Vaticana da Papa Paolo V nel 1612. Si trattò di una decisione organizzativa importante che portò alla conservazione sistematica dei documenti della Chiesa.
In precedenza gli studiosi avevano un accesso molto limitato all'archivio, che rimase chiuso agli esterni, fino alla fine del XIX secolo. Fu allora che Papa Leone XIII aprì l'archivio ai ricercatori e oggi più di mille studiosi esaminano ogni anno alcuni dei suoi documenti.
L'Archivio Segreto Vaticano custodisce un vasto assortimento di materiali, che vanno dai documenti di Stato e dalla corrispondenza ai registri finanziari, a testimonianza dell'ampia documentazione storica della Chiesa.
Questa collezione, che abbraccia numerose epoche storiche, comprende vari tipi di documenti, come editti papali, decreti ufficiali, lettere personali e manoscritti. Questi documenti coprono un ampio spettro di argomenti, illustrando l'influenza e il coinvolgimento della Chiesa cattolica negli affari internazionali nel corso dei secoli.
L'Archivio Segreto Vaticano vanta una straordinaria collezione che ripercorre dodici secoli di storia, dall'VIII al XX secolo. Questo vasto archivio comprende più di 600 fondi archivistici, meticolosamente organizzati in 35.000 volumi.
I documenti sono conservati su scaffali che si estendono per oltre 85 chilometri. Una parte significativa della collezione è conservata nel Bunker, un caveau sotterraneo sicuro a due livelli, situato sotto il Cortile della Pigna nei Musei Vaticani. Questa struttura è dedicata alla conservazione e alla protezione di questi documenti storici di inestimabile valore.
L'Archivio Segreto Vaticano contiene diversi documenti di rilievo, come la bolla papale che scomunicava Martin Lutero, gli atti del processo ai Cavalieri Templari e varie corrispondenze tra il Vaticano e personaggi storici di spicco.
Tra i più famosi c'è il verbale del processo a Galileo Galilei del 1633, che racconta il suo processo da parte dell'Inquisizione romana per aver sostenuto l'eliocentrismo. Gli archivi conservano anche una grande quantità di documenti di Stato e di corrispondenza diplomatica, che fanno luce sul ruolo del Vaticano negli affari globali.
Gli Archivi Apostolici Vaticani sono di proprietà del Papa in quanto sovrano della Città del Vaticano e vengono trasferiti a ogni nuovo Papa. Storicamente, l'accesso agli archivi era molto ristretto e limitato a poche persone selezionate. Negli ultimi anni, tuttavia, questa politica è cambiata, consentendo l'ingresso a studiosi e ricercatori qualificati a condizioni rigorose, con limitazioni sui documenti che possono esaminare.
Papa Francesco ha rinominato l'archivio in "Archivio Apostolico Vaticano" nel 2019 per dissipare le idee sbagliate legate alla parola "segreto". Il termine originale intendeva riflettere la natura privata della collezione in quanto appartenente al Papa, e non implicare qualcosa di nascosto, segreto o misterioso.
Sergio Pagano, divenuto prefetto dell'archivio nel 2005, ha rilevato le difficoltà nell'aprire completamente gli archivi a causa delle loro dimensioni e della difficoltà di preparare i documenti per l'accesso degli storici. Ha osservato che l'interesse per l'accesso agli archivi spesso si affievolisce una volta che i documenti diventano disponibili, suggerendo che la domanda a volte è più legata alla curiosità che a una seria ricerca scientifica.
Pagano ha anche affrontato il tema della riluttanza a rilasciare documenti relativi a Pio XII, interpretando questa pressione come un tentativo di screditare la Chiesa cattolica. Ha fatto notare che i documenti degli archivi vaticani vengono generalmente rilasciati solo dopo 75 anni, anche se il Papa ha l'autorità di autorizzarne il rilascio prima. Questa politica indica che potrebbe essere necessario un periodo di tempo considerevole prima che vengano divulgate ulteriori informazioni su alcuni aspetti della storia della Chiesa. Poiché la Chiesa opera con l'autonomia di una nazione sovrana, mantiene l'unica discrezione in queste questioni.