De Geheime Vaticaanse Archieven werden in 1612 door paus Paulus V formeel opgericht als een afzonderlijke entiteit van de Vaticaanse Bibliotheek. Dit was een belangrijke organisatorische beslissing die leidde tot het systematisch bewaren van de documenten van de Kerk.
Tot het einde van de 19e eeuw hadden wetenschappers zeer beperkte toegang tot het archief, dat gesloten bleef voor buitenstaanders. Toen opende Paus Leo XIII het archief voor onderzoekers en nu bestuderen elk jaar meer dan duizend wetenschappers enkele van de documenten.
Het Geheime Archief van het Vaticaan bevat een uitgebreid assortiment materialen, variërend van staatsdocumenten en correspondentie tot financiële grootboeken, die de uitgebreide historische archivering van de kerk weerspiegelen.
Deze collectie, die verschillende historische tijdperken omspant, omvat verschillende soorten documenten, zoals pauselijke edicten, officiële decreten, persoonlijke brieven en handgeschreven manuscripten. Deze documenten bestrijken een breed spectrum aan onderwerpen en illustreren de invloed en betrokkenheid van de katholieke kerk in internationale aangelegenheden door de eeuwen heen.
De Geheime Archieven van het Vaticaan hebben een opmerkelijke collectie die twaalf eeuwen geschiedenis beschrijft, van de 8e tot de 20e eeuw. Deze enorme opslagplaats bevat meer dan 600 archiefcollecties, minutieus georganiseerd in 35.000 volumes.
De documenten worden bewaard op rekken die zich uitstrekken over meer dan 85 kilometer. Een aanzienlijk deel van de collectie wordt bewaard in de Bunker, een beveiligde, ondergrondse kluis met twee verdiepingen, gelegen onder de Cortile della Pigna in de Vaticaanse Musea. Deze faciliteit is gewijd aan het behoud en de bescherming van deze onbetaalbare historische documenten.
De Geheime Archieven van het Vaticaan bevatten een aantal opmerkelijke documenten, zoals de pauselijke bul waarmee Maarten Luther werd geëxcommuniceerd, de procesverslagen van de Tempeliers en verschillende correspondentie tussen het Vaticaan en prominente historische figuren.
Een van de beroemdste is het procesverslag van Galileo Galilei uit 1633, waarin zijn proces door de Romeinse inquisitie voor het bepleiten van heliocentrisme wordt beschreven. De archieven bevatten ook een schat aan staatsdocumenten en diplomatieke correspondentie, die licht werpen op de rol van het Vaticaan in mondiale aangelegenheden.
De Vaticaanse Apostolische Archieven zijn eigendom van de paus als soeverein van Vaticaanstad en worden overgedragen aan elke nieuwe paus. Historisch gezien was de toegang tot de archieven zeer beperkt en voorbehouden aan een paar selecte personen. De laatste jaren is dit beleid echter veranderd en krijgen gekwalificeerde wetenschappers en onderzoekers toegang onder strikte voorwaarden, met beperkingen op welke documenten ze mogen onderzoeken.
Paus Franciscus hernoemde de archieven in 2019 tot "Vaticaans Apostolisch Archief" om misvattingen in verband met het woord "geheim" weg te nemen. De oorspronkelijke term was bedoeld om het privékarakter van de collectie als eigendom van de paus weer te geven, niet om iets verborgen, geheims of mysterieus te impliceren.
Sergio Pagano, die in 2005 prefect van de archieven werd, merkte de uitdagingen op bij het volledig openstellen van de archieven vanwege hun omvang en de moeilijkheid om documenten voor te bereiden voor toegang door historici. Hij merkte op dat de interesse in toegang tot de archieven vaak afneemt zodra de documenten beschikbaar zijn, wat suggereert dat de vraag soms meer uit nieuwsgierigheid is dan uit serieus wetenschappelijk onderzoek.
Pagano ging ook in op de terughoudendheid om documenten met betrekking tot Pius XII vrij te geven en interpreteerde deze druk als een poging om de katholieke kerk in diskrediet te brengen. Hij merkte op dat documenten uit de archieven van het Vaticaan over het algemeen pas na 75 jaar worden vrijgegeven, hoewel de paus de bevoegdheid heeft om ze eerder vrij te geven. Dit beleid geeft aan dat het een aanzienlijke tijd kan duren voordat er meer informatie wordt vrijgegeven over bepaalde aspecten van de geschiedenis van de Kerk. Aangezien de Kerk opereert met de autonomie van een soevereine natie, behoudt zij de volledige beslissingsbevoegdheid in deze zaken.